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保健所の特徴
地域保健法施行令第4条第1項では、保健所の所長とは保健所の医師であって、次の各号のいずれかに該当する技術吏員でなければならないとされている。

1.3年以上公衆衛生の実務に従事した経験がある者
2.厚生労働省組織令(平成12年政令第252号)第135条に規定する国立保健医療科学院の行う養成訓練の課程(現行1年、平成19年度までの例外規定で3ヶ月コースあり)を経た者
3.厚生労働大臣が、第2号に掲げる者と同等以上の技術又は経験を有すると認めた者
(健康局長通知では「外国において、養成訓練課程に準じる課程を修了し公衆衛生修士(MPH、MSPH)の学位を取得した者」とある。国内の公衆衛生大学院は対象となっていない)
ただし、地域保健法施行令第4条第2項では「地方公共団体の長が医師をもつて保健所の所長に充てることが著しく困難であると認めるときは、2年以内の期間を限り、次の各号のいずれにも該当する医師でない技術吏員をもつて保健所の所長に充てることができる。」とも定められている。

1.厚生労働大臣が、公衆衛生行政に必要な医学に関する専門的知識に関し医師と同等以上の知識を有すると認めた者
2.5年以上公衆衛生の実務に従事した経験がある者
3.養成訓練課程を経た者
健康局長通知によると「厚生労働大臣が、公衆衛生行政に必要な医学に関する専門的知識に関し医師と同等以上の知識を有すると認めた者」とは、国立保健医療科学院教育訓練規程第5条第4項第1号に定める者と同等以上の学力を有すると国立保健医療科学院長が認め、「専門課程Ⅰ」の受講資格を得た者とされ、これを認めるに当たっては、国立保健医療科学院において、次に掲げる出題範囲の試験を行うとされる。

医師国家試験出題基準における
1.必修の基本的事項に関する事柄
2.医学総論に関する事柄
3.医学各論のうち
ア 健康危機管理関係業務を行う際に必要な感染症、精神疾患、中毒及び外因による疾患に関する事柄
イ 健康増進関係業務を行う際に必要な主要な生活習慣病(悪性新生物、脳血管疾患、心疾患及び糖尿病)及び関連疾患に関する事柄
ウ その他、公衆衛生行政(特定疾患、小児慢性疾患等の申請を含む)において関与する可能性の高い疾患に関する事柄
現在のところ、医師ではない者が保健所長に就いている例は皆無であり、事実上、保健所長は医師と限定されている状態である。

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